МГТУ им. Н. Э. Баумана — это крупнейший по масштабам технический вуз страны, в котором обучается более 20000 студентов и 1000 аспирантов. Согласно уставу, общее руководство университетом осуществляет выборный представительный орган — Ученый совет МГТУ им. Н. Э. Баумана, который избирается на пятилетний срок и включает помимо руководителей университета представителей всех категорий сотрудников. Ученый совет устанавливает структуру университета и вносит в нее изменения, решает важнейшие вопросы деятельности коллектива, формирование кадров и т. д.

    В настоящее время в составе совета более ста авторитетных ученых, профессоров и докторов наук, в том числе члены Российской академии наук К. С. Колесников, А. И. Леонтьев, И. Б. Федоров, А. М. Дмитриев, Н. П. Алешин.

    Непосредственное управление университетом осуществляет ректор, который полностью отвечает за учебную, научную, финансово-хозяйственную и другие сферы деятельности. Ректором МГТУ им. Н. Э. Баумана коллектив избрал доктора технических наук, профессора (ныне члена-корреспондента РАН) Игоря Борисовича Федорова.

    Для текущей работы ректор имеет заместителей — проректоров по учебной, научной работе и т. д., все вместе они образуют коллективный орган — ректорат, который вырабатывает стратегию и тактику деятельности коллектива, контролирует выполнение принятых решений.

    Основным структурным подразделением любого вуза является кафедра — коллектив преподователей, ученых, инженеров, объединенной областью преподавания.

    Общеуниверситетские кафедры ведут учебные дисциплины фундаментального и социально-гуманитарного направления (кафедры математики, физики, политологии, социологии и культурологии и др.) либо для всех студентов МГТУ, либо для их значительной части. Эти кафедры организационно объединены в два факультета: фундаментальных и социальных и гуманитарных наук. При этом факультет ФН входит в состав научно-учебного комплекса (НУК ФН).

    Специальные (профилирующие) кафедры организуют преподавание учебных дисциплин, относящихся к их инженерной специальности. Их задача — обеспечить высокий уровень профессиональной подготовки, теоретической и практической, вплоть до защиты дипломного проекта. Как правило, профилирующая кафедра ведет одну инженерную специальность, ее численность невелика — 15–20 преподавателей с учеными степенями докторов и кандидатов наук. Профилирующие кафедры объединяются в факультеты по общности науки и техники. Особенностью МГТУ им. Н. Э. Баумана является организационная интеграция учебной и научной деятельности в форме научно-учебных комплексов (НУК). В НУК входит факультет и научно-исследовательский институт (НИИ) соответствующей направленности. Как правило, руководитель НУКа является и деканом факультета. В настоящее время в МГТУ девять основных выпускающих факультетов: «Специальное машиностроение» (СМ), «Энергетическое машиностроение» (Э), «Машиностроительные технологии» (МТ), «Робототехника и комплексная автоматизация» (РК), «Информатика и системы управления» (ИУ), «Радиоэлектроника и лазерная техника» (РЛ), «Биомедицинская техника» (БМТ), «Фундаментальные науки» (ФН), «Инженерный бизнес и менеджмент» (ИБМ).

    Следует заметить, что ни одно из наименований факультетов и НУКов не отражает в полной мере всего многообразия направлений инженерной подготовки. Так, специалистов по лазерной технологии готовят не только на РЛ, но и на МТ; по робототехнике — на РК и СМ.